Riboswitch-metal iyonu etkileşimlerinin moleküler modelleme yöntemleri ile incelenmesi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2013
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu çalışmada M-box Riboswitchlerin Mg2+ ile etkileşim mekanizmasını incelemek için nükleik asit yapılarında yer alana tüm nükleobazların olası tautomerlerinin optimizasyonu ve Mg2+ ile etkileşimleri incelenmiştir. Tautomerleşmede çevresel faktörler çok önemli rol oynar: su varlığı, kimyasal modifikasyon, metalik katyon etkileşimi, ışınla uyarma, uyarılma. Bu çalışmada elde edilen tüm yapıların metal iyonlarıyla etkileşiminin incelenmesi sonucu tautomerlerin kararlılıklarının nasıl değiştiği görülmüştür. DNA ve RNA yapısındaki nadir tautomerlerin metal varlığında kararlılıkları ve metalin tautomerleşmeye moleküler modelleme metodları yardımıyla hesapsal olarak incelenmiştir. B3LYP/cc-PVTZ seviyesindeki hesaplamlarda elde edilen sonuçlar tautomerler ile Mg2+ etkileşimlerinin, standart nükleobaz ile Mg2+ etkileşimlerine göre daha kararlı olduğunu göstermiştir.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Riboswitch, tautomerleşme, RNA, nükleik asitler, nükleobaz-metal etkileşimi, moleküler modelleme, DFT., Riboswitch, tautomerism, RNA, nucleic acids, nucleobasemetal interaction, molecular modelling, DFT., Biyokimya A.B.D.
