Aydın’da Echinococcus granulosus İzolatlarının Mitokondriyal Sitokrom C Oksidaz Alt Ünite 1 Geni (cox1) Dizi Analizi ile Genotiplendirilmesi
Küçük Resim Yok
Tarih
2018
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Kist hidatik (KH), Echinococcus granulosus metasestod formunun insan ve otçullarda başta karaciğer olmak üzere değişik organlarda gelişmesi sonucu meydana gelen zoonotik karakterli bir enfeksiyondur. Küresel bir yayılıma sahip olan bu enfeksiyon gelişmekte olan diğer ülkelerde olduğu gibi ülkemizde de halen halk sağlığını tehdit eden önemli bir parazitik hastalık olarak görülmektedir. Parazitin morfolojik ve biyolojik özellikleri izolatların tiplendirilmesinde yetersiz kaldığı ve bu nedenle moleküler yöntemlerin kullanılmasının gerektiği bildirilmektedir. Günümüze kadar 11 farklı genotipi (G1-G10 ve aslan suşu) tanımlanan E.granulosus’un genotipleri ile konak özgüllüğü arasında doğrudan bir ilişki olduğu gösterilmiştir. Bu çalışmada, Aydın’da insanlardan elde edilen E.granulosus izolatlarının genotiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim ve Uygulama Hastanesinde KH nedeniyle cerrahi operasyon geçiren olgulardan alınan kist sıvıları değerlendirilmiştir. Bu örnekler fosfat tamponlu tuzlu su (PBS) ile yıkanarak %70 etil alkolde -20ºC’de kullanılıncaya kadar saklanmıştır. İzolatların mitokondriyal sitokrom C oksidaz alt ünite 1 (cox1) geni kısmi olarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltılmıştır. Elde edilen PCR ürünleri sekanslandıktan sonra Genbank’da bulunan diziler ile karşılaştırılmış ve referanslar ile evrimsel uzaklıkları belirlenmiştir. İzolatların genotipleri tam veya en fazla benzerlik gösterdikleri referanslar göz önüne alınarak belirlenmiştir. Çalışmamızda toplam 20 E.granulosus izolatının genotipi belirlenmiş olup koyun suşu olarak tanımlanan Genotip 1’in (G1) izolatların büyük kısmını (15 izolat, %75) oluşturduğu ve bunu domuz/deve suşu olarak tanımlanan G6/7’nin (5 izolat, %25) izlediği saptanmıştır. Diğer bölgelerden bildirilen E.granulosus cox1 gen dizileri ile bu çalışmadakiler birlikte değerlendirildiğinde ülkemizin coğrafi konumuyla muhtemel ilişkili sonuçlara ulaşıldığı görülmüştür. Çalışmamızda koyun suşu olan G1’in yanı sıra G6/7’ye rastlanması deve ve yaban domuzlarının da bölgemizde KH hastalığının yayılmasında rolünün olabileceğini ve insanlar için bulaş riskini artırabileceğini düşündürmektedir. Ülkemizde E.granulosus’un moleküler epidemiyolojisi konusunda sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır. Bu çalışma ile ilimizde ilk kez E.granulosus izolatları genotiplendirilmiş olup elde edilen bulguların epidemiyolojik verilerle birleştirilerek bundan sonra alınacak koruyucu önlemlerde yol gösterici olabileceği düşünülmektedir.
Cyst hydatid (CH) is a zoonotic infection that is characterized by the development of metacestode form of Echinococcus granulosus primarily in liver of humans and ruminants. With a worldwide distribution, the infection is still considered as an important parasitic disease that threatens the public health in Turkey as in the other developing countries. Morphological and biological features of parasite fail to discriminate isolates for typing so molecular methods should be used for this purpose. Recently, a total of eleven genotypes of E.granulosus (G1-10 and lion strain) have been identified and these genotypes are highly correlated with host specificity of the parasite. the aim of this study, was to determine the genotypes of E.granulosus isolates from human samples in Aydın. Cyst fluids from CH operated cases in Adnan Menderes University Faculty of Medicine, Training and Research Hospital were used in the present study. Samples were washed with phosphate buffered saline (PBS) and stored in 70% ethanol at -20ºC. Mitochondrial cytochrome C oxidase subunit 1 (cox1) gene was amplified partially by polymerase chain reaction (PCR). the PCR products were sequenced initially, compared to other database in Genbank and evolutionary distances were estimated with references. the genotypes of E.granulosus isolates were determined according to the closest or exact matches to the references. A total of 20 E.granulosus isolates were genotyped in the present study, most of them (15 isolates, 75%) were identified as Genotype 1 (G1), that is defined as sheep genotype and the remaining isolates were defined as pig/camel genotype G6/7 (five isolates, 25%). A possible explanation to our results may be related to the geographical position of Turkey. the identification of G6/7 in addition to sheep genotype G1 indicated that pigs and camels in this area have role in the transmission and distribution of E.granulosus to humans. There is still limited information about the molecular epidemiology of E.granulosus in Turkey. This study reveals the first data about the genotype distribution of E.granulosus in our city, therefore the findings may help to design control program for the disease with a combination of epidemiological data.
Cyst hydatid (CH) is a zoonotic infection that is characterized by the development of metacestode form of Echinococcus granulosus primarily in liver of humans and ruminants. With a worldwide distribution, the infection is still considered as an important parasitic disease that threatens the public health in Turkey as in the other developing countries. Morphological and biological features of parasite fail to discriminate isolates for typing so molecular methods should be used for this purpose. Recently, a total of eleven genotypes of E.granulosus (G1-10 and lion strain) have been identified and these genotypes are highly correlated with host specificity of the parasite. the aim of this study, was to determine the genotypes of E.granulosus isolates from human samples in Aydın. Cyst fluids from CH operated cases in Adnan Menderes University Faculty of Medicine, Training and Research Hospital were used in the present study. Samples were washed with phosphate buffered saline (PBS) and stored in 70% ethanol at -20ºC. Mitochondrial cytochrome C oxidase subunit 1 (cox1) gene was amplified partially by polymerase chain reaction (PCR). the PCR products were sequenced initially, compared to other database in Genbank and evolutionary distances were estimated with references. the genotypes of E.granulosus isolates were determined according to the closest or exact matches to the references. A total of 20 E.granulosus isolates were genotyped in the present study, most of them (15 isolates, 75%) were identified as Genotype 1 (G1), that is defined as sheep genotype and the remaining isolates were defined as pig/camel genotype G6/7 (five isolates, 25%). A possible explanation to our results may be related to the geographical position of Turkey. the identification of G6/7 in addition to sheep genotype G1 indicated that pigs and camels in this area have role in the transmission and distribution of E.granulosus to humans. There is still limited information about the molecular epidemiology of E.granulosus in Turkey. This study reveals the first data about the genotype distribution of E.granulosus in our city, therefore the findings may help to design control program for the disease with a combination of epidemiological data.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
0-Belirlenecek
Kaynak
Mikrobiyoloji Bülteni
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
52
Sayı
2
