Asma' da (Vitis vinifera L.) aquaporin genlerinin biyoinformatik analizi ve farklı dokularda ifade profillerinin belirlenmesi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2015
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Aquaporinler insan, bitki, hayvan ve bakterilerde bulunan suyun zardan geçişini sağlayan kanal görevi yapan membran proteinleridir. Bitkilerde aquaporin ailesinin su dengesinin ayarlanması, fotosentez gibi hücresel ve fizyololojik olaylarda görev aldığı görülmüştür. Asma (Vitis vinifera L.) şarap ve gıda sektörü açısından ekonomik olarak oldukça önemli çok yıllık bir türdür. Çalışmada Vitis vinifera L. aquaporinleri biyoinformatik olarak belirlenmiştir. Vitis vinifera L. Aquaporin ailesine ait 19 adet genin sultani çekirdeksiz çeşidinde farklı tane gelişim dönemlerinde, yaprak, sülük ve genç sürgünlerde Real-time PCR tekniği ile ifade profilleri çıkarılmıştır. Tanede incelenen tüm aquaporin genlerinin ifadeleri olgunlaşma döneminde azalmıştır. mRNA ifade analiz sonuçları aquaporinlerin gelişim dönemlerinde yer aldıkları fizyolojik olayların belirlenmesi açısından bir bilgi sağlamıştır. Biyoinformatik analizlerle aquaporin genlerine ait EST verilerine ulaşılmıştır. Bu şekilde Vitis vinifera L. aquaporin genlerinin farklı üzüm çeşidlerine ait birçok doku ve organlarda ifade oldukları gösterilmiştir. Vitis Vinifera L. Aquaporin ailesine ait 20 birey ile diğer bazı bitkilerde bulunan aquaporinler arasında oluşturulan filogenetik ağaç ile akrabalık ilişkisi gösterilmiştir.
Aquaporins are membrane proteins that serve as a channel to pass water through the cell membranes of human, plant, animal and bacterium. They are involved in cellular and physiological processes such as adjusting the water balance and the plant photosynthesis. Grapevine (Vitis vinifera L.), a perennial species, is economically very important crop in terms of wine and food sector. In this study, we identified 19 genes that belong to Aquaporin gene family by bioinformatic analyses and analyzed their expression profile in grape berries, leaves, tendrils and young shoots at different developmental stages by Real-time PCR. Expression of all examined aquaporin genes in the grape berry decreased during the ripening. The result of mRNA expression analysis provided information for the determination of physiological events that take place in the developmental stages of grape berries. We identified ESTs belonging to V. vinifera L. Aquaporin genes using EST database by the bioinformatics analysis. Vitis vinifera L. aquaporin genes were expressed in many tissues and organs of different grape varieties. Finally, We constructed the phylogenetic tree including 20 individuals of Vitis vinifera L. Aquaporin family with aquaporins found in other plants.
Aquaporins are membrane proteins that serve as a channel to pass water through the cell membranes of human, plant, animal and bacterium. They are involved in cellular and physiological processes such as adjusting the water balance and the plant photosynthesis. Grapevine (Vitis vinifera L.), a perennial species, is economically very important crop in terms of wine and food sector. In this study, we identified 19 genes that belong to Aquaporin gene family by bioinformatic analyses and analyzed their expression profile in grape berries, leaves, tendrils and young shoots at different developmental stages by Real-time PCR. Expression of all examined aquaporin genes in the grape berry decreased during the ripening. The result of mRNA expression analysis provided information for the determination of physiological events that take place in the developmental stages of grape berries. We identified ESTs belonging to V. vinifera L. Aquaporin genes using EST database by the bioinformatics analysis. Vitis vinifera L. aquaporin genes were expressed in many tissues and organs of different grape varieties. Finally, We constructed the phylogenetic tree including 20 individuals of Vitis vinifera L. Aquaporin family with aquaporins found in other plants.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Aquaporin, Biyoinformatik Analizler, mRNA İfadesi, Vitis Vinifera, bioinformatics analyses, mRNA expression, Vitis vinifera
