Y-DNA haplogrupları için filogenetik ağaç oluşturma
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2011
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Günümüzde Y kromozomu bireyler veya ırklar arasındaki kökensel ilişkileri bulmak amacıyla sıklıkla incelenmektedir. Y-DNA insanların yüzyıllar önce yaptıkları göçlerin haritalarını tahmin etmek için de kullanılmaktadır. Bu tez çalışmasında, Y kromozomu kısa bitişik tekrarları kullanılarak filogenetik ağaç oluşturmak için dört adımlı bir yöntem öneriyoruz. Yöntemimizi, Y-DNA G haplogrubuna ait 145 örnek üzerinde 12 kısa bitişik tekrar belirteci kullanarak uyguladık. Yöntemimizin birinci adımında örnekler arası uzaklıkları hesaplayarak bir uzaklık matrisinde tutuyoruz. İkinci adımda ise örnekleri kümelere bölüyoruz. Üçüncü adımda her bir küme için bir filogenetik ağaç oluşturuyoruz. Dördüncü adımda ise ağaçları birleştirerek tek bir büyük ağaç elde ediyoruz. Verilerimizi filogenetik ağaç oluşturmadan önce kümelere bölmek ağaç oluşturma adımını dağıtık veya paralel hale getirebilme olanağı sağlayarak büyük miktardaki verileri daha hızlı şekilde işlememizi sağlar. Kümeleme adımında bölümleme ve yoğunluk tabanlı algoritmalarını kullandık ve sonuçlarını karşılaştırarak verilerimiz için hangi yöntemin daha etkin olduğu belirttik. Filogenetik ağaç oluşturma adımında Komşu Birleştirme algoritması kullandık. Son adımda ise oluşan ağaçların her birinden bir kök seçerek onlar için Komşu Birleştirme algoritmasını uyguladık ve tüm örnekleri kapsayan büyük bir ağaç elde ettik.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Y-DNA Haplogrupları, kümeleme, filogenetik ağaç oluşturma, komşu birleştirme algoritması, Y-DNA Haplogroups, clustering, phylogenetic tree construction, neighbor-joining algorithm., Uluslararası Bilgisayar A.B.D.
