İnsan PUF60'ın biyoinformatik araçların kullanımıyla ileri analizi
Küçük Resim Yok
Tarih
2024
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Arka Plan/Amaç: Alternatif eklenme (α-EJ), insan genlerinin yaklaşık %95'inde meydana gelir ve hastalık gelişiminde kritik bir rol oynayabilir; örneğin, kanser hücrelerinin çoğalması, istilası, göçü ve apoptozunu doğrudan etkileyebilir. Yakın zamanda, pre-mRNA eklenmesi ve transkripsiyonel düzenlemede önemli rolleri olan PU60 adlı bir proteini, genom çapında CRISPR-Cas9 tabanlı genetik tarama yöntemi ile, küçük hücreli olmayan akciğer kanseri CR-Calu1 hücrelerinde sisplatin direncini indükleyen aday gen olarak tanımladık. Bu çalışmanın amacı, bu nedenle, PUF60'ı daha detaylı analiz etmek ve biyoenformatik yöntemlerle kanser biyolojisindeki ek rollerini belirlemektir. Materyal ve Yöntem: Analizler, UniProt, cBioportal, TCGA, NCBI, PDB, BLAST, CLUSTAL Omega, String ve Gepia gibi çeşitli biyoenformatik araçlar ve veritabanları kullanılarak gerçekleştirildi. Kanserle ilişkili mutasyonlar ve fonksiyonlar analiz edildi. Yüksek derecede korumayı göstermek için homoloji modelleme çalışmaları yapıldı. Protein-protein etkileşim ağları, PUF60'ın hücresel süreçlerdeki rollerine dair destekleyici kanıtlar sağlamak için kullanıldı. Sonuçlar: PUF60'ın anormal ekspresyonu ve mutasyonları çeşitli kanser türleri için ortaya çıkarıldı. PUF60 aşırı ekspresyonu, kanser hücrelerinin artan canlılığı ve koloni oluşumu ile ilişkilendirilmiştir. Bazı PUF60 izoformlarının, MYC ekspresyonunu artırarak ve apoptoza karşı direnci artırarak tümör progresyonunda rol oynadığı bulundu. Homoloji modelleme çalışmaları, PUF60'ın yüksek derecede korunduğunu ortaya koymuştur. Varılan Sonuç: PUF60'ın biyoenformatik analizleri, onun kanser biyolojisindeki önemini vurgulamaktadır. Diğer proteinlerle olan etkileşimlerini ve bunların hücresel süreçler üzerindeki etkilerini belirlemek gibi ileri fonksiyonel çalışmalar, onun kanser tedavisinde potansiyel yeni bir terapötik hedef olarak kullanılabilirliğini ortaya çıkaracak ve destekleyecektir.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
PUF60, Biyoinformatik, Kanser, Mutasyon, Protein Etkileşimleri., Bioinformatics, Cancer, Mutation, Protein Interactions.
