Tanin-prolin etkileşimlerinin model sistemler üzerinde hesapsal olarak incelenmesi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2020
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu tezde, taninler ile prolince-zengin proteinlerin etkileşimi sonucu protein agregatlaşmasına neden olması ve bu etkileşime etki eden parametrelerle ilgili moleküler modelleme yöntemleriyle yapılmış incelemelerin sınırlı sayıda olması bu alana yönelme konusunda belirleyici olmuştur. Literatürdeki deneysel araştırmalarca ortaya konan tanin-PRP etkileşiminde baskın olarak hidrofobik etkileşim gösterdiği bulgulanmıştır. Bunun üzerine bu etkileşimde etkileşimin moleküler modelleme yöntemleriyle incelenmesi için etkileşimde rol alan monomerlerin saptanması ve bunların optimize işlemleri DFT yöntemi kullanılarak yapıldı. Daha sonrasında optimize olan gallik asit anyonu ve zwitterionik L-prolinin sulu fazda ωB97XD/6-311++G(d,p) seviyesinde optimizasyonları yapılarak etkileşimde baskın olan kovalent olmayan etkileşimlerin karakteristikleri belirlendi. Bu çalışmada elde edilen verilerin yorumlanmasıyla van der Waals, zayıf hidrojen bağı (moleküller arası, molekül içi) ve sterik etkileşimler gibi etkileşimleri belirgin olarak sergilediği sonucuna varıldı
The interactions of tannins and prolin-rich protein cause protein aggregation. The parameters that affect those interactions are rarely investigated by molecular modeling methods which is the main motivation of this dissertation. Experimental researches in the literature have shown that the main interactions between tannin-PRP interaction are hydrophobic interactions. In order to investigate those interactions with molecular modeling methods, the monomers involved have been optimized by DFT method. Afterwards, optimized gallic acid anions and zwitterionic L-proline interactions have been optimized in water as the solvent at ωB97XD/6-311++G(d,p) level. Characteristics of main non-covalent interaction has been determined. By interpreting the calculated data, it is concluded that the interactions between gallic acid anion and L-proline zwitterion mainly consist of van der Waals, weak hydrogen bonding (either intermolecular or intramolecular), and steric interactions.
The interactions of tannins and prolin-rich protein cause protein aggregation. The parameters that affect those interactions are rarely investigated by molecular modeling methods which is the main motivation of this dissertation. Experimental researches in the literature have shown that the main interactions between tannin-PRP interaction are hydrophobic interactions. In order to investigate those interactions with molecular modeling methods, the monomers involved have been optimized by DFT method. Afterwards, optimized gallic acid anions and zwitterionic L-proline interactions have been optimized in water as the solvent at ωB97XD/6-311++G(d,p) level. Characteristics of main non-covalent interaction has been determined. By interpreting the calculated data, it is concluded that the interactions between gallic acid anion and L-proline zwitterion mainly consist of van der Waals, weak hydrogen bonding (either intermolecular or intramolecular), and steric interactions.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
DFT, Tanin, Prolin, Gallik Asit, PRP, Tannin, Proline, Gallic Acid
