İzmir ili krizantem üretim alanlarında görülen virüslerin saptanması; biyolojik ve moleküler karakterizasyonu
Yükleniyor...
Tarih
2015
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu çalışma da 2013-2014 yıllarında İzmir'in Menderes ve Urla (Bademler) ilçelerinde yoğun olarak krizantem yetiştiriciliği yapılan üretim alanlarında enfeksiyon oluşturan viral etmenlerin saptanması ve bulunma durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Menderes ilçesinden 100 ve Urla ilçesinden 95 örnek olmak üzere 195 bitki örneğiyle yürütülmüştür. Alınan krizantem örneklerindeki viral etmenlerin tanılanmasında moleküler ve biyolojik yöntemler kullanılmıştır. Toplanan örneklerden 5 viral etmenin varlığı RT-PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Araştırma kapsamında testlenen toplam 195 örnekte viral enfeksiyon oranının RT-PCR yöntemi ile %16.5olduğu görülmüştür. Menderes ilçesinden alınan örneklerde % 33 viral enfeksiyon saptanmıştır. Urla ilçesinden alınan örneklerde herhangi bir viral etmen saptanmamıştır. Çalışmada testlenen örneklerde en yaygın olarak Cucumber mosaic virus' ün (%9) bulunduğu ve bunu Chrysanthemum B virus (%7) ve Tomato spotted wilt virus (1 örnek) adlı virüslerin izlediği saptanmıştır. RT-PCR yöntemlerinin sonuçları değerlendirilerek biyolojik testler yürütülmüştür. Elde edilen veriler sonucunda RT-PCR ile izole edilen TSWV adlı viral etmen dünyadaki diğer izolatlarla benzerliğinin karşılaştırılması amacıyla sekanslamaya gönderilmiş, elde edilen nükleotid dizilimleri dünyadaki diğer izolatlarla kıyaslanmıştır. İzole edilen TSWV' nin KF146700kodlu izolatla %94 oranında benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma ülkemizde krizantem virüs hastalıklarının belirlenmesi için yapılan ilk çalışma olması yönünden önem taşımaktadır.
This study was conducted to determine the presence and prevalence of viral infections on intensive chrysanthemum production areas in Menderes and Urla districts in 2013-2014. In order to identify viral agents, 100 samples from Menderes, 95 samples from Urla totally 195 samples were collected from symptomatic and asymptomatic plants and were tested by biological and molecular methods. 5 viral agents were investigated by RT-PCR method. The incidence of viral infections was found 33% with RT-PCR method. In Menderes district infection rate was found as 16.5 %. The result of detection studies in Urla district showed that there is no viral infection on samples. Following evaluation of conducted RT-PCR test, biological tests were carried out with 31 samples. Cucumber mosaic virus was the most prevalent virus (9%) in the sample of our work and followed by Chrysanthemum B virus (7%) and Tomato spotted wilt virus (1 sample). As a result of obtained data by RT-PCR detected TSWV isolate sequenced in order to compare similarities with other world isolates. Isolated TSWV agents showed 94% similarity with TSWV Chrysanthemum-16 isolate (GenBank accession number KF146700). Constituted phylogenetic trees with using a variety of programs showed that the isolate was situated in the same group with mentioned world isolates. The present study is important for being first study in our country about the detection virus diseases in chrysanthemum.
This study was conducted to determine the presence and prevalence of viral infections on intensive chrysanthemum production areas in Menderes and Urla districts in 2013-2014. In order to identify viral agents, 100 samples from Menderes, 95 samples from Urla totally 195 samples were collected from symptomatic and asymptomatic plants and were tested by biological and molecular methods. 5 viral agents were investigated by RT-PCR method. The incidence of viral infections was found 33% with RT-PCR method. In Menderes district infection rate was found as 16.5 %. The result of detection studies in Urla district showed that there is no viral infection on samples. Following evaluation of conducted RT-PCR test, biological tests were carried out with 31 samples. Cucumber mosaic virus was the most prevalent virus (9%) in the sample of our work and followed by Chrysanthemum B virus (7%) and Tomato spotted wilt virus (1 sample). As a result of obtained data by RT-PCR detected TSWV isolate sequenced in order to compare similarities with other world isolates. Isolated TSWV agents showed 94% similarity with TSWV Chrysanthemum-16 isolate (GenBank accession number KF146700). Constituted phylogenetic trees with using a variety of programs showed that the isolate was situated in the same group with mentioned world isolates. The present study is important for being first study in our country about the detection virus diseases in chrysanthemum.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Krizantem, Virüs, RT-PCR, Karakterizasyon
