Solanaceae familyasındaki bazı kültür bitkilerinde Patato virus Y (PVY)'nin ırklarının belirlenmesi ve karakterizasyonu
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2021
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Projede Solanaceae bitkilerinin yoğun ve polikültür olarak yetiştiriciliğinin yapıldığı İzmir ili Küçük Menderes Havzası'ndan toplanan patates, domates, biber bitkilerinde PVY ırklarının durumu araştırılmıştır. Ayrıca, PVY ırklarının filogenetik analizi ve moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Araştırmada sörveylerden 65'i patates, 79'u biber ve 55 adeti domates olmak üzere toplam 199 bitki yaprak örneği toplanmıştır. Toplanan yaprak örnekleri serolojik (TAS-ELISA) ve moleküler (RT-PCR ve multiplex RT-PCR) yöntemlerle test edilmiştir. Örneklerin %58, 78'i çeşitli PVY ırklarıyla enfekteli bulunmuştur. Patates yaprak örneklerinde %67, 7 bulunma oranıyla PVYN:O, domates yaprak örneklerinde %64 oranıyla PVYNTN ve biber yaprak örneklerinde %10 oranıyla PVYC en yaygın görülen ırklar olmuştur. Solanaceae bitkilerinde belirlenen PVY ırklarının nükleotid dizilerinin filogenetik analizi sonucunda birbirleriyle ve dünya izolatlarıyla benzerlik oranları belirlenmiştir. Buna göre, %98, 31 oranıyla birbirine en benzer iki izolat PVYNTN/Patates ve PVYNTN/Domates izolatları olmuştur. Bunu sırasıyla birbiriyle %93, 26 oranında nükleotid benzerliği gösteren PVYNTN/Patates- PVYN:O/Patates; %92, 19 ile PVYNTN/Patates-PVYN:O/Domates; %98, 10 ile PVYN:O/Patates-PVYN:O/Domates; %89, 16 ile PVYNTN/Domates-PVYN:O/Patates ve %88, 94 ile PVYNTN/Domates-PVYN:O/Domates izolatları izlemiştir. Tespit edilen PVY izolatlarının nükleotid dizilerinin birbiriyle hizalanmasıyla çizilen filogenetik ağaçta PVYC/Biber izolatı diğer patates ve domates izolatlarından ayrılarak farklı bir kolda yer almıştır. PVY izolatlarının nükleotid dizilerinin dünya izolatlarıyla karşılaştırılması sonucunda PVYN:O/Patates izolatı %99, 85 benzerlik gösterdiği PVYPatates Mısır izolatıyla, PVYNTN/Patates izolatı %99, 77 benzerlik gösterdiği PVYNTN/Biber Polonya izolatıyla ve PVYO/Patates izolatı %98, 87 benzerlik gösterdiği PVYO/Patates İngiltere ve Güney Afrika izolatlarıyla daha yakın filogenetik gruplarda yer almıştır. PVYNTN/Domates izolatı %99, 02 benzer olduğu PVYNTN(a)/Patates ABD ve PVYN:O/Domates izolatı 12 dünya izolatıyla yakın dallanma göstermiştir. Son olarak, PVYC/Biber izolatı %93, 99 benzer bulunduğu PVYDomates İspanya izolatıyla yakın filogenetik ilişki içinde olmuştur.
Açıklama
Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma A.B.D. Araştırma Projesi
Araştırma Projesi elektronik ortamda bulunmaktadır.
Araştırma Projesi elektronik ortamda bulunmaktadır.
