Çilek genomunun SSR ve nükleotid bağlama sekansı (NBS) markırları ile profilinin çıkarılması ve kahverengi kök çürüklüğüne (Phytophthora cactorum) dayanıklılığı kontrol eden gen bölgeleri ile ilgili QTL'lerin belirlenmesi
Yükleniyor...
Tarih
2011
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Fragaria x ananassa çeşitleri ‘Holiday’ ve ‘Korona’ çaprazlanmasıyla elde edilen F1 haritalama populasyonunun 82 bireyi SSR ve NBS markırları kullanılarak genotiplendirilmiştir. SSR’ ların diğer Rosaceae türlerinden Fragaria ailesine transferi test edilmiştir. Elma, şeftali, erik ve gülden elde edilen 132 SSR’ın 106 tanesi oktoploid çilek DNA’larında amplifikasyon göstermiştir. Toplam 626 SSR ve 300 NBS markırı kantitatif olarak skorlanmıştır. Holiday x Korona populasyon genomu Joinmap 4.0 programı kullanılarak haritalanmış ve toplam 1244.5 cM uzunlukta harita elde edilmiştir. Skorlanan markırlardan 340 SSR (%54) ve 102 NBS (%34) markırı bağlantı grupları üzerinde yer almıştır. Harita üzerinde ortalama markır yoğunluğu her 2.81 cM’da 1 markır olarak saptanmıştır. Bağlantı grubu uzunlukları 93.1 cM ile 2.8 cM arasında değişmekte olup, ortalama uzunluk 62.2 cM ve bağlantı grubu başına ortalama markır sayısı 23’tür. Bağlantı grubundaki maksimum markır sayısı 50 (LG6A), minimum sayı ise 3’tür (LG4D). Bazı NBS markırlarının LG4A, LG4C, LG5A, LG5C, LG5D, LG6A, LG6C, LG6D üzerinde küme halinde bulundukları görülmüştür. Genetik bağlantı haritası oluşturulduktan sonra MapQTL5.0 programı ve basit interval haritalama fonksiyonu kullanılarak QTL analizi gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızda P.cactorum’a dayanıklılık ile ilgili, fenotipik varyasyonu açıklayan 2 QTL bulunmuştur. QTL bölgesinde bulunan markırlar NBS markırlarıdır. HxK (HolidayxKorona) bağlantı haritası ile, çok sayıda SSR markırı içermesi nedeniyle oktoploid çileğin haritalanması çalışmalarına önemli katkı sağlanmıştır. Harita, NBS markırları ile zenginleştirilmiştir. HxK bağlantı haritası oktoploid çileğin haritalanması çalışmalarına referans olabileceği gibi NBS markırlarını içeren ilk çilek bağlantı haritasıdır. Belirlenen QTL’ler gelecekte markıra dayalı ıslah (MAB) çalışmalarında kullanılabilirler.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Fragaria x ananassa, SSR, NBS, bağlantı haritası, QTL, dayanıklılık, kök boğazı çürüklüğü., Fragaria x ananassa, SSR, NBS, linkage map, QTL, resistance, crown rot., Biyomühendislik A.B.D.
