Fasulye ( Phaseolus vulgaris L. )'de danede P, Cu, K, Mo ve Se alınımını kontrol eden genlerle ilişkili olan DNA markörlerinin ilişki haritalama metodu ( Association Mapping ) ile saptanması
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2018
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) içerdiği besin elementleri nedeniyle önemli bir besin kaynağıdır. Bu çalışmada 173 adet fasulye genotipi kullanılarak Genotyping by Sequencing metodu ile elde edilmiş 20766 adet SNP markörü kullanılmıştır. Structure yazılımı ile yapılan analizler sonucu populasyonun 2 ana gruba ayrıldığı (K=2) saptanmıştır. Fasulye genotipleri ile danede besin elementi analizleri gerçekleştirilmiş, sonuçlar SNP markörleri ile birlkte TASSEL (Trait Analysis by Association, Evoluation and Linkage) yazılımı üzerinden yapılan Mixed Linear Model (MLM) analizleri gerçekleştirilmiştir. Analizler sonucu bakır besin elementinin danede birikimi ile yüksek ilişkili 3 adet markör tespit edilmiştir. Bu çalışma fasulyede, Cu, P, K, Mo ve Se besin elementlerinin danede birikimini, Bornova ve Menemen olmak üzere 2 lokasyon, 2015 ve 2016 olmak üzere 2 yıl toplamda 4 farklı çevre koşulu ile gerçekleştirilmiş ilk ilişki haritalama çalışmasıdır ve gelecekteki ilişki haritalama, ıslah ve markör destekli seleksiyon (MAS) çalışmalarına yardımcı olması düşünülmektedir.
Common bean is an important nutritional source in human diet due to the micronutrients it contains. In this study, 20766 SNP markers were obtained using Genotyping by Sequencing (GBS) method, from 173 common bean genotypes. Analysis that was done by Structure softwere showed that the population is split into two (K=2) main groups. Results from micronutrients analysis performed on common bean genotypes were analyzed with Mixed Linear Model (MLM) on TASSEL (Trait Analysis by Association, Evoluation and Linkage) software, along with SNP marker. According to results of these analysis, 3 markers identified that strongly associated with copper. This study is the first association mapping study about accumulation of Cu, P, K, Mo and Se micronutrients in common bean that uses four different environmental factors (two different locations as Bornova and Menemen throughout two years (2015 and 2016)), and it will help future breeding and marker assisted selection (MAS) studies.
Common bean is an important nutritional source in human diet due to the micronutrients it contains. In this study, 20766 SNP markers were obtained using Genotyping by Sequencing (GBS) method, from 173 common bean genotypes. Analysis that was done by Structure softwere showed that the population is split into two (K=2) main groups. Results from micronutrients analysis performed on common bean genotypes were analyzed with Mixed Linear Model (MLM) on TASSEL (Trait Analysis by Association, Evoluation and Linkage) software, along with SNP marker. According to results of these analysis, 3 markers identified that strongly associated with copper. This study is the first association mapping study about accumulation of Cu, P, K, Mo and Se micronutrients in common bean that uses four different environmental factors (two different locations as Bornova and Menemen throughout two years (2015 and 2016)), and it will help future breeding and marker assisted selection (MAS) studies.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Fasulye, Phaseolus Vulgaris L., İlişki Haritalama, Association Mapping, Bağlantı Dengesizliği, LD, Structure, TASSEL, Common Bean, Phaseolus Vulgaris L., Association Mapping, Linkage Disequilibrium
