Yazar "Telefoncu, Azmi" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 20 / 56
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Affinite çöktürmesi ile lipaz saflaştırılması(Ege Üniversitesi, 2005) Teke, Mustafa; Kılınç, Ali; Telefoncu, Azmi[Abstract Not Available]Öğe alfa-D-galaktosidaz enziminin izolasyonu ve karakterizasyonu(Ege Üniversitesi, 1990) Telefoncu, AzmiÇeşitli organizmaların Ü - D-galaktosidaz enzimi içerdiği uzun yıllardan beri bilinmektedir. Ü - D-galaktosidaz enzimi, son yıllarda özellikle şeker endüstrisi için kullanılması düşünülen bir enzimdir. Bu sebeple Ü - D-galaktosidazın uygun bir kaynaktan ekonomik bir biçimde izolasyon ve saflaştırılması büyük bir önem taşımaktadır. Bu çalışmada Laktobacillus brevis mikroorganizmalarından Ü - D-galaktosidaz izole edildi ve elde edilen preparatın karakterizasyonu üzerinde çalışıldı. Çeşitli izolasyon ve saflaştırma tekniklerinin incelenmesi, optimum pH ve optimum temperatür tespiti ve safsızlık yaratan unsurların uzaklaştırılması gibi bir seri çalışma yapıldı. Söz konusu çalışmalardan elde edilen verilerin değerlendirilmesiyle yüksek aktiviteye sahip çözünür Ü - D-galaktosidaz preparatı elde edilmiştir. Öncelikle fermantasyon süresi, aşı oranı ve ortamın şeker içeriğinin tespiti üzerinde duruldu. Yapılan çalışmalar sonucunda melas içeren ortamda %2 aşı oranı ile 24 saatlik fermantasyon sonucu en yüksek aktivite elde edildi. Büyük çaplı fermantasyon yukarıdaki sonuçlara göre yapıldı. Fermantasyon sonunda hücreler 3000 g'de 15 dakika santrifüjlenerek ayrıldı ve %0,85'lik tuz çözeltisi ile yıkandı. Daha sonra 20 dakika sonikasyona maruz bırakılarak hücreler parçalandı. Bu hücre kalıntıları 12000 g'de 25 dakika santrifüjlenerek ayrıldı. B işlemden sonra Extrat %70 lik doygun (NH4)2 SO4 ile çöktürüldü ve saf suya karşı diyalizlendi. Takiben işlemde, çözeltideki proteinlerin uzaklaştırılması amacıyla DEAE-Sephadex kolonundan (2,2x13 cm) yararlanıldı. Kolon 0,01 M-0,025 M-0,05 M-0,1 M pH:7 olan fosfat tamponu ile protein absorbansı gözlenmeyinceye kadar yıkandı. Bu absorbanlar 280 nm'de ölçüldü. Sonuçta üç ayrı protein fraksiyonunun varlığı tespit edildi. En yüksek enzimatik aktiviteye sahip fraksiyon suya karşı diyalizlendi. Bu işlemlerin sonunda çözünüz Ü - D-galaktosidaz elde edildi. SDS muamelesi ile kağıt elektroforezi uygulandı. Bu işlem sonucu proteinin alt birim içermediği ve iki fraksiyonun elektroforetik mobilite değerlerininde birbirine yakın olduğu gözlendi. Optimum pH 5.5-6.0 aralığında (37{486}C) optimum temperatürde 35-40{486}C aralığında (pH:5,8) bulunmuş olup sonuçlar literatürdeki verilere uyumludur.Öğe Alginatta immobilize edilmiş lipazın bazı özelliklerinin incelenmesi(Ege Üniversitesi, 1991) Kılınç, Ali; Telefoncu, AzmiGünümüzde enzimler serbest ve immobilize halde laboratuar çapında ve endüstriyel çapta katalizatör olarak kullanılmakta ve uygulama alanları her geçen gün biraz daha artmaktadır. Özellikle immobilize enzimlerin doğal enzime üstünlükleri nedeniyle enzimlerin immobilizasyonu üzerine çalışmalar yoğunlaşmıştır. Yağlar, asit ve bazlarla (110-120{486}C) ısıtıldığında yapılarındaki ester bağları hidrolize uğrayarak gliserin ve yağ asitleri oluşur. Hidroliz olayının asit ve baz kullanılmaksızın sadece sulu ortamda yürütülmesi oldukça zordur. Tepkime Zn, Ca ve Mg oksitlerin katalizatör olarak kullanılmasıyla 150-177 {486}C de 5-10 atü basınçta, katalizatör kullanılmadığında ancak 30 atü basınçta 230{486}C de basınca dayanıklı kaplarda yürütülür. Sürekli çalışmada ise sıcaklık 250 {486}C, basınç 40-48 atü olmalıdır. Halbuki aynı reaksiyon, lipaz enzimi kullanılarak atmosferik basınçta 30-40 {486}C sıcaklıkta kolayca gerçekleştirilir. Çalışmamızda Guluronat yüzdesi yüksek olan (protanal LF 20/60 Protan A/S) sodyum-alginat kullanılarak pankreatik lipazın (EC 3.1.1.3) taşıyıcı makrikste tutuklama yöntemi ile küre formunda immobilizasyonu gerçekleştirildi. Taşıyıcı matrikste tutuklanmış enzim miktarı değiştirilerek elde edilen preparatların mg. taşıyıcı (kuru) başına düşen mg. enzim miktarı ve spesifik aktiviteleri hesaplandı. Taşıyıcı matrikste tutuklanmış enzim miktarının arttırılması spesifik aktivitede önemli bir artmaya neden olmadığından, hazırlanan preparatlardan % 2 lik alginatta % 0,6 miktarının amacınız için uygun olduğu bulundu. İmmobilize lipaz preparatları mekanik kararlılığın arttırılması için farklı konsantrasyonlarda (0,1-0,6 M) Glutaraldehit ile oda sıcaklığında pH 7,0 da 30 dakika karıştırıldı ve bidestile su ile iyice yıkanarak enzimatik aktiviteleri tayin edildi. Glutaraldehit ile muamele sonucu mekanik kararlılığın arttığı ancak difüzyonun engellenmesi nedeni ile aktivite düşmüştür. Küresel formdaki immobilize lipaz preparatının aktivitesi, aktiviteye pH ve sıcaklığın etkisi araştırıldı. İmmobilizasyondan sonra; enzimatik aktivitenin düştüğü, optimum pH'nın alkali bölgeye doğru kaydığı, optimum sıcaklık değişmezken termal kararlılığın arttığı tespit edildi. İmmobilizasyon sonucu aktivitenin düşmesinin en önemli nedeni difüzyonun engellenmesidir. İmmobilize lipazın depo ve operasyon kararlılığı araştırıldı ve her iki parametrenin de aynı koşullardaki serbest lipaza kıyasla daha yüksek olduğu belirlendi.Öğe Balık yağı içeren ortamda üretilen çeşitli mayaların lipaz aktivitelerinin kıyaslanması(Ege Üniversitesi, 2006) Kılınç, Ali; Telefoncu, Azmi[Abstract Not Available]Öğe Bazı gıda ürünlerinin tazelik kontrolleri için ksantin oksidaz temelli biyosensörlerin geliştirilmesi(Ege Üniversitesi, 2005) Timur, Suna; Dinçkaya, Erhan; Telefoncu, Azmi[Abstract Not Available]Öğe Besin değeri yüksek protein hidrolizatılarının hazırlanması(Ege Üniversitesi, 1999) Telefoncu, Azmi[Abstract Not Available]Öğe A bio-imprinted ascorbate oxidase biosensor(Taylor & Francis Ltd, 2007) Teke, Ayse B.; Sezginturk, M. Kemal; Teke, Mustafa; Dinckaya, Erhan; Telefoncu, AzmiInterest in bio-imprinting techniques has increased because it allows some stability characteristics of enzymes to be improved. In this study, we developed a simple way to improve the thermal and pH stabilities of ascorbate oxidase biosensor. The membrane of a Clark oxygen electrode was coated by a bioactive layer containing ascorbate oxidase and gelatin cross-linked by glutaraldehyde. Citrate was used to imprint the ascorbate oxidase molecularly. The optimum temperature and pH of both unmodified and citrate modified biosensors were investigated, by comparing their resulting stability. Also, calibration graphs and operational stabilities were compared with each other. The results showed that this simple way should be used to improve the stabilities of a biosensor.Öğe A bio-imprinted urease biosensor: Improved thermal and operational stabilities(Elsevier Science Bv, 2008) Teke, Mustafa; Sezginturk, Mustafa Kemal; Dinckaya, Erhan; Telefoncu, AzmiDespite the increasing number of applications of biosensors in many fields, the construction of a steady biosensor remains still challenging. The high stability of molecularly bio-imprinted enzymes for its substrate can make them ideal alternatives as recognition elements for sensors. Urease (urea aminohydrolase, EC 3.5.1.5), which catalysis the hydrolysis of urea to ammonia and carbon dioxide, has been used in immobilized form in artificial kidney for blood detoxification. According to one report approximately half a million patients worldwide are being supported by haemodialysis. In this study, the enzyme of urease was first complexed by using a substrate analogue, thiourea, in aqueous medium and then this enzyme was immobilized on gelatin by crosslinking with glutaraldehyde on a glass electrode surface. Similarly, urease noncomplexed with thiourea was also immobilized on a glass electrode in the same conditions. The aim of the study was to compare the two biosensors in terms of their repeatability, pH stability and thermal stability, and also, linear ranges of two biosensors were compared with each other. (c) 2007 Published by Elsevier B.V.Öğe Biosensing approach for glutathione detection using glutathione reductase and sulfhydryl oxidase bienzymatic system(Elsevier Science Bv, 2008) Timur, Suna; Odaci, Dilek; Dincer, Ayse; Zihnioglu, Figen; Telefoncu, AzmiChitosan membrane with glutathione reductase and sulfhydryl oxidase (SOX) was subsequently integrated onto the surface of spectrographic graphite rods for obtaining a glutathione biosensor. The working principle was based on the monitoring of O-2 consumption that correlates the concentration of glutathione during the enzymatic reaction. A linear relationship between sensor response and concentration was obtained between 0.5 and 2.0 mM for oxidized glutathione (GSSG), and 0.2-1.0 mM for reduced glutathione (GSH) in the presence of 2 mu M nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) under the optimum working conditions. Also, reduced/oxidized glutathione were separated by HPLC and utility of bienzymatic system was investigated as an electrochemical detector for the analysis of these compounds. All data were given as a comparison of two systems: biosensor and diode array detector (DAD). (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.Öğe A biosensor based on graphite epoxy composite electrode for aspartame and ethanol detection(Elsevier Science Bv, 2006) Anik, Ulku; Odaci, Dilek; Timur, Suna; Merkoci, Arben; Alegret, Salvador; Besun, Nurgun; Telefoncu, AzmiA gelatin membrane with carboxyl esterase and alcohol oxidase was subsequently integrated onto the surface of a graphite epoxy composite electrode (GECE). The developed biosensors showed linearity in the range of 2.5-400 mu M for aspartame and 2.5-25 mu M for ethanol with response times of 170 and 70 s for each analyte, respectively. The resulting bienzyme biosensor was used for aspartame detection in diet coke samples and ethanol detection in beer and wine samples. From the obtained results, it can be concluded that the developed biosensor is a selective, practical and economic tool for aspartame and ethanol detection in real samples. (c) 2006 Elsevier B.V. All rights reserved.Öğe Biyokimya Bölümü Öğrenci Laboratuvarı alt yapısının güncellenmesi(Ege Üniversitesi, 2012) Telefoncu, Azmi; Telefoncu, Azmi[Abstract Not Available]Öğe The Covalent Bioconjugate of Multiwalled Carbon Nanotube and Amino-Modified Linearized Plasmid DNA for Gene Delivery(Wiley, 2014) Geyik, Caner; Evran, Serap; Timur, Suna; Telefoncu, AzmiCarbon nanotubes (CNTs) are allotropes of carbon, which have unique physical, mechanical, and electronic properties. Among various biomedical applications, CNTs also attract interest as nonviral gene delivery systems. Functionalization of CNTs with cationic groups enables delivery of negatively charged DNA into cells. In contrast to this well-known strategy for DNA delivery, our approach included the covalent attachment of linearized plasmid DNA to carboxylated multiwalled CNTs (MWCNTs). Carboxyl groups were introduced onto MWCNTs by oxidative treatment, and then the carboxyl groups were activated by 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide (EDC). The whole pQE-70 vector including the gene encoding green fluorescent protein (GFP) was subjected to polymerase chain reaction (PCR) using the modified nucleotide N6-(6-Amino)hexyl-2-deoxyadenosine-5-triphosphate. Hence, free amino groups were introduced onto the linearized plasmid. Covalent bonding between the amino-modified plasmid DNA and the carboxylated MWCNTs was achieved via EDC chemistry. The resulting bioconjugate was successfully transformed into chemically competent Escherichia coli cells, without necessity of a heat-shock step at 42 degrees C. The presence of Ca2+ in transformation medium was required to neutralize the electrostatic repulsion between DNA and negatively charged outer layer of E. coli. The transformants, which were able to express GFP were inspected manually on ampicillin agar plates. Our study represents a novelty with respect to other noncovalent CNT gene delivery systems. Considering the interest for delivery of linear DNA fragments, our study could give insights into further studies. (c) 2013 American Institute of Chemical Engineers Biotechnol. Prog., 30:224-232, 2014Öğe D-Alloz tayini için genetik olarak kodlanmış Biyoluminesans Rezonans enerji Transferi (BRET) temelli biyosensör tasarlanması(Ege Üniversitesi, 2014) Telefoncu, Azmi; Evran, Serap; Özyurt, CananD-Allose, periplasmic ligand binding protein, bioluminescence resonance energy transfer (BRET), biosensor.;D-Alloz doğada nadir olarak bulunan bir şekerdir ve metabolik etkileri nedeniyle son birkaç yıldır ilgi çekmektedir. Antitümör, antienflamatuvar, antihipertansif, immün baskılayıcı ve antioksidan aktiviteleri de dahil olmak üzere pek çok farmasötik etkisi olduğu gösterilmiştir. D-allozun in vitro tayini için enzimatik reaksiyonlara dayanan iki yöntem geliştirilmiştir. Ancak terapötik etkinliğinin ve hücre içindeki lokalizasyonunun gerçek zamanlı olarak belirlenmesi için, in vivo tayine imkan veren sistemlerin geliştirilmesi gerekir. FRET veya BRET temelli genetik kodlanmış sensör sistemleri in vivo tayinlerde kullanılan önemli araçlardır. BRET sisteminde, donör (lusiferaz) ve akseptör (floresans protein) proteinler arasına, hedef metaboliti tanıyan bir protein (örneğin periplazmik ligand bağlayıcı protein) klonlanabilir. Metabolitin tanıyıcı proteine spesifik olarak bağlanması sonucu meydana gelen konformasyon değişimi, donör ve akseptör proteinleri birbirine yaklaştırır. Bu sayede enerji donörden akseptöre transfer edilir ve uyarılan floresans protein, belli bir dalga boyunda emisyon gösterir. Bu sinyal yoluyla dedeksiyon mümkün olur. Proje kapsamında, genetik olarak kodlanmış biyoluminesans rezonans enerji transferi (BRET) temelli biyosensör sistemi geliştirilmesi ve bu biyosensörün D-allozun in vitro tayini için optimizasyonu hedeflendi. E.coli D-alloz bağlayan proteinin N- ve C- terminaline lusiferaz ile floresans protein yerleştirildi. Dört farklı BRET sistemi tasarlandı ve özellikleri karşılaştırıldı. Renilla lusiferazın (Rluc), alloz bağlayıcı proteinin (ABP) N-terminalinde ve sarı floresans proteinin (YFP) C-terminalinde konumlandırıldığı biyosensör protein kullanılarak 0.1-10 nM aralığında kantitatif D-alloz tayini gerçekleştirilebileceği ve bu aralıkta D-riboz ile D-glukozun biyoluminesans sinyali üzerinde girişim yapmadığı sonuçlarına ulaşıldı.;D-Alloz, periplazmik ligand bağlayıcı protein, biyoluminesans rezonans enerji transferi (BRET), biyosensör.Öğe Determination of phenolic acids using Trametes versicolor laccase(Elsevier Science Bv, 2007) Odaci, Dilek; Timur, Suna; Pazarlioglu, Nurdan; Montereali, Maria Rita; Vastarella, Walter; Pilloton, Roberto; Telefoncu, AzmiTwo biosensors based on Trametes versicolor laccase (TvL) were developed for the determination of phenolic compounds. Commercial oxygen electrode and ferrocene-modified screen-printed graphite electrodes were used for preparation of laccase biosensors. The systems were calibrated for three phenolic acids. Linearity was obtained in the concentration range 0.1-1.0 mu M caffeic acid, 0.05-0.2 mu M ferulic acid, 2.0-14.0 mu M syringic acid for laccase immobilised on a commercial oxygen electrode and 2.0-30.0 mu caffeic acid, 2.0-10.0 mu M ferulic acid, 4.0-30.0 mu M syringic acid for laccase immobilised on ferrocene-modified screen-printed electrodes. Furthermore, optimal pH, temperature and thermal stability studies were performed with the commercial oxygen electrode. Both electrodes were used for determination of a class of phenolic acids, achieving a cheap and fast tool and an easy to be used procedure for screening real samples of human plasma. (c) 2006 Elsevier B.V. All rights reserved.Öğe Development of a new biosensor for mediatorless voltammetric determination of hydrogen peroxide and its application in milk samples(Springer, 2009) Alpat, Senol; Alpat, Sibel Kilinc; Dursun, Zekerya; Telefoncu, AzmiA new biosensor for the voltammetric detection of hydrogen peroxide was developed based on immobilization of catalase on a clinoptilolite modified carbon paste electrode using bovine serum albumin and glutaraldehyde. The biosensor response was evaluated according to electrode composition, reaction time, solution pH and temperature. The voltammetric signals were linearly in proportion to H(2)O(2) concentration in the range 5.0 x 10(-6) - 1.0 x 10(-3) M with a correlation coefficient of 0.9975. The detection limit is 8.0 x 10(-7) M and the relative standard deviation for 4.0 x 10(-4) M hydrogen peroxide was 1.83% (n = 6). The biosensor exhibited high sensitivity, and it was determined that it could be used for more than 2 months. In addition, the biosensor was successfully applied for the determination of hydrogen peroxide in milk samples.Öğe Development of a new biosensor for mediatorless voltammetric determination of hydrogen peroxide and its application in milk samples(Springer, 2009) Alpat, Senol; Alpat, Sibel Kilinc; Dursun, Zekerya; Telefoncu, AzmiA new biosensor for the voltammetric detection of hydrogen peroxide was developed based on immobilization of catalase on a clinoptilolite modified carbon paste electrode using bovine serum albumin and glutaraldehyde. The biosensor response was evaluated according to electrode composition, reaction time, solution pH and temperature. The voltammetric signals were linearly in proportion to H(2)O(2) concentration in the range 5.0 x 10(-6) - 1.0 x 10(-3) M with a correlation coefficient of 0.9975. The detection limit is 8.0 x 10(-7) M and the relative standard deviation for 4.0 x 10(-4) M hydrogen peroxide was 1.83% (n = 6). The biosensor exhibited high sensitivity, and it was determined that it could be used for more than 2 months. In addition, the biosensor was successfully applied for the determination of hydrogen peroxide in milk samples.Öğe Development of a novel fluorescent protein construct by genetically fusing green fluorescent protein to the N-terminal of aspartate dehydrogenase(Wiley, 2013) Ozyurt, Canan; Evran, Serap; Telefoncu, AzmiWe developed a fluorescent protein construct by genetically fusing green fluorescent protein (GFP) to aspartate dehydrogenase from Thermotoga maritima. The fusion protein was cloned, heterologously expressed in Escherichia coli cells, and purified by Ni-chelate affinity chromatography. It was then introduced into a measurement cuvette to monitor its fluorescence signal. Aspartate dehydrogenase functioned as the biorecognition element, and aspartate-induced conformational change was converted to a fluorescence signal by GFP. The recombinant protein responded to l-aspartate (l-Asp) linearly within the concentration range of 1-50mM, and it was capable of giving a fluorescence signal in 1Min. Although a linear response was also observed for l-Glu, the fluorescence signal was 2.7 times lower than that observed for l-Asp. In the present study, we describe two novelties: development of a genetically encoded fluorescent protein construct for monitoring of l-Asp in vitro, and employment of aspartate dehydrogenase scaffold as a biorecognition element. A few genetically encoded amino-acid biosensors have been described in the literature, but to our knowledge, a protein has not been constructed solely for determination of l-Asp. Periplasmic ligand binding proteins offer high binding affinity in the micromolar range, and they are frequently used as biorecognition elements. Instead of choosing a periplasmic l-Asp binding protein, we attempted to use the substrate specificity of aspartate dehydrogenase enzyme.Öğe DEVELOPMENT OF GENETICALLY ENCODED FLUORESCENT PROTEIN CONSTRUCTS OF HYPERTHERMOPHILIC MALTOSE-BINDING PROTEIN(Taylor & Francis Inc, 2014) Ozyurt, Canan; Evran, Serap; Telefoncu, AzmiCircularly permuted green fluorescent protein (cGFP) was inserted into the hyperthermophilic maltose binding protein at two different locations. cGFP was inserted between amino acid residues 206 and 207, or fused to the N-terminal of maltose binding protein from Thermotoga maritima. The cloned DNA constructs were expressed in Escherichia coli cells, and purified by metal chelate affinity chromatography. Conformational change upon ligand binding was monitored by the increase in fluorescence intensity. Both of the fusion proteins developed significant fluorescence change at 0.5mM maltose concentration, whereas their maltose binding affinities and optimum incubation times were different. Fluorescent biosensors based on mesophilic maltose binding proteins have been described in the literature, but there is a growing interest in biosensors based on thermostable proteins. Therefore, the developed protein constructs could be models for thermophilic protein-based fluorescent biosensors.Öğe Diaminoksidaz'ın affinite Kromatogrofisi ile saflaştırılması(Ege Üniversitesi, 1996) Timur, Suna; Telefoncu, AzmiDiaminoksidazlar(amin:oksijen oksidoredüktaz, EC 1.4.3.6) bitki, hayvan ve mikroorganizmalarda yaygın olarak bulunan ve farklı tekniklerin kullanımıyla çeşitli kaynaklardan izolasyonu ve saflaştırılması üzerine çalışmalar yapılmış bir enzim grubudur. Bu grup enzimler, metabolizmada çeşitli semptomlara neden olabilen biyojen aminler; gıda ve fizyolojik sıvılardaki tayinlerinde kullanılabilir olmalarından dolayı, farklı kaynaklardan saflaştırılmaları önem kazanmaktadır. Bu çalışmada Diamin oksidaz kaynağı olarak, literatür verilerine göre Diaminoksidazca zengin olarak belirtilmiş yer fıstığı seçilmiştir. Çalışmada, saflaştırma amacıyla kullandığımız metod homojenizasyon, ultrafiltrasyon ve affinite kromatografisi adımlarını içermektedir. Bu çalışmada Histamin Diamin Oksidaz 1865 kat saflaştırıldı. İleri aşamada ise saflaştırılan enzimin karakterizasyonu yapıldı. Bulguların, bu konuda önceki çalışmalarla karşılaştırılması ve yorumu Sonuçlar ve Tartışma kısmında verildiÖğe Effect of Nick Formation on Dna Substrates Via UV-Irradiation on the Kinetic Parameters of Mammalian DNA Topoisomerase 1(2019) Kocazorbaz, Ebru Kocadağ; Sarıkaya, Devrim; Telefoncu, Azmi; Topçu, Zeki…
- «
- 1 (current)
- 2
- 3
- »